Đền Bà chúa Me được quy hoạch với tổng diện tích 14,02 ha và được chia làm 2 khu: Khu Đền thờ và Khu Bia Bà. Khu Đền thờ được tôn tạo, xây dựng mới trên khuôn viên Phủ Bà cũ với chất liệu chủ yếu bằng bê tông cốt thép sơn màu giả gỗ, diện tích khoảng 4000m2, gồm 4 phân khu: Khu nội tự, Khu nhà ban quản lý, Khu tổ chức lễ hội và Khu dịch vụ. Khu nội tự có tổng chiều dài 50m, chiều rộng 40m được bố trí hướng Tây Bắc (hướng từ Hậu cung Đền chính nhìn ra Tam quan và đường tỉnh lộ 395), gồm các hạng mục: Cổng Tam quan, Tắc môn, Lầu Chuông Gác trống, Giải vũ (gồm 02 dãy ở 2 bên). Đền chính được đặt tại đường Thần Đạo thẳng hướng với tim Cổng tam quan.

Đền chính gồm Tiền tế và Hậu cung.

- Tiền tế có 5 gian với tổng chiều dài 14,8m, gian giữa dài 3m, 02 gian cạnh 2,7m và 02 gian dĩ 2,7m được tạo thành bởi 4 hàng cột (2 cột cái và 2 cột quân), khoảng cách tim cột cái là 3,0m, gian lách (Tim cột cái đến cột quân) là 1,5m, phía mặt đứng trước bố trí 03 luồng cửa bằng gỗ theo kiểu thương song hạ bản cổ truyền. Bộ vì có Kiến trúc theo kiểu con chồng đấu sen, 4 góc có đao mái được đắp kiểu tứ linh (Long, Ly, Quy, Phượng). Chiều cao từ mặt nền lên đỉnh mái là 5,55 m (tại gian giữa) và 5,65 m (tại hai đầu hồi - Không kể kìm nóc).

- Hậu cung gồm 03 gian theo chiều rộng - 01 gian theo chiều dài, gian giữa rộng 3,0m, 02 gian cạnh rộng 1,5m, phía sau xây tường thu hồi bít đốc mái. Cốt nền cao hơn sân dự kiến là 0,75 m. Phần mái có đắp đầu đao, Rồng chầu mặt nguyệt, kìm nóc, con chối. Mái lợp ngói mũi phía trên kết cấu mái bằng gỗ (Hoành, dui, tầu mái, lá mái) kiểu truyền thống[13].

Ngoài công trình chính còn có các hạng mục phụ trợ như Nghi môn, Tắc môn, Nhà bia, Nhà chuông, Giải vũ, nhà khách... tạo thành một tổng thể kiến trúc đồng bộ, quy mô lớn, đáp ứng kỹ, mỹ thuật truyền thống, đặc biệt văn bia tại Đền có hình trụ vuông 4 mặt, phỏng theo tấm Bia cổ từ năm 1679 tại Nhà bia sinh từ[14].